Oaxaca meghódítása viszonylag békés volt, mivel a Zapotec és a Mixtec urak úgy gondolták, hogy az európaiaknál megtalálják azokat a szövetségeseket, amelyekre szükségük van az aztékok legyőzéséhez.
Másrészről más csoportok, mint például a Sierra zapotékai, a chontalesiek és főleg a mixek ellenálltak és folytatták a lázadások folytatását. Győzelmük után és még a 16. században a spanyolok megfosztották földjeiket az őslakosoktól, legalizálva ezt az akciót a király által biztosított encomiendákon, mercedeseken és megosztásokon keresztül, így felvázolva a spanyol hódítás kezdetétől az egyensúlyhiányt és a egyenlőtlenség, amely érvényesülne a spanyol és az őslakos társadalom között.
A gyarmatosítók visszaélései olyan bőségesek voltak, hogy a két Audiencia és Antonio de Mendoza alkirály által végzett munka jó része arra irányult, hogy korlátozza Valle de Oaxaca márki, Hernán Cortés és az encomenderosok hatalmát. Így a királyi hatalom megerősítését javasolták, és ezért hirdették ki az új törvényeket (1542), és létrehozták a komplex adminisztrációt. Az evangelizáció feladata Mixtec és Zapotec térségében a domonkos rend munkája volt, amely alapvetően bennszülött munkával pazar templomokat és kolostorokat épített azokon a helyeken, ahol a nagy népességi központok összpontosultak, például Antequera városában, Yanhuitián és Cuilapan. .
A lelki hódítás radikálisabb és erőszakosabb volt, mint a katonai hódítás. A lakosság ellenőrzésének fenntartása érdekében a hódítók módosításokkal fenntartottak bizonyos őslakos struktúrákat oly módon, hogy az Oaxaca-völgy és a Mixteca Alta néhány főnökének sikerült megőriznie az ősi kiváltságokat és tulajdonságokat; Ehelyett, hogy Amerika népeit kereszténységre térítsék, a misszionáriusok arra törekedtek, hogy elpusztítsák a spanyol előtti világ vallásának minden nyomát.
Az őshonos népesség járványok és helytelen bánásmód okozta demográfiai csökkenése ellenére a 16. század gazdasági növekedésnek indult az új technikák, növények és fajok bevezetése miatt. A Mixtecában például jó nyereséget értek el a selyemhernyók, a szarvasmarhák és a búza kiaknázásával. A városi piac és a bányák fejlődése hozzájárult ehhez a növekedéshez.
Ezt a jólétet azonban megszakították azok a problémák, amelyekkel a bányászat 1590 óta szembesült. Csökkent Sevilla és Amerika között a kereskedelem, a népesség csökkenése miatt a városok fogyasztása visszaesett, és a munkaerő minimálisra csökkent.
A tizenhetedik században a gazdasági depresszió az volt, amikor meghatározták a gyarmati struktúrákat, megszilárdították az uralmi rendszert, és létrehozták a függő gazdaság mechanizmusait. A monopólium és a központosított kereskedelmi rendszer alkalmazása akadályozta a regionális gazdasági fejlődést, aminek következtében az Oaxaca-völgyhez hasonló gazdag területek a kakaó, az indigo és a cochineal termelésének és kereskedelmének fontossága ellenére gazdaságukat az önellátásra irányították. .
Már a tizenhetedik század második felében javulni kezdett Új-Spanyolország gazdasága: fellendült a bányászati termelés, újra engedélyezték a kereskedelmet Közép-Amerikával és Peruval, és az őslakosok kezdtek talpra állni. Ekkorra a Mixtecában és az Oaxaca-völgyben élő spanyolok nagyarányú szarvasmarha-tenyésztésnek szentelték magukat, és a haciendák sikeresen ötvözték a búza- és kukoricatermesztést a szarvasmarha-neveléssel. A gyarmati gazdaságot 1660 és 1692 között átszervezték, megalapozva a felvilágosodás századát.
Új Spanyolország növekszik és gyarapszik a felvilágosodás korában. A terület megduplázódik, a népesség megháromszorozódik, a gazdasági termelés értéke pedig hatszorosára nő. A legjobb példa erre a fejlődésre a bányászat, egy központi gazdasági tengely, amely ugyan még mindig rabszolgaságnak örvendett, de 1670-ben 3 300 000 peso-ról 1804-ben 27 000 000-re vált.
Új-Spanyolország gazdagsága az intenzív építkezési tevékenységben és a barokk csodálatának túláradásában nyilvánul meg, ekkor építették Antequera-ban többek között a Santo Domingo-templom rózsafüzér kápolnáját, a Soledad, San Agustín és Consolación.
A 18. század a Bourbon-királyok által végrehajtott politikai és gazdasági reformok évszázada volt.
1800-ra Mexikó rendkívüli gazdagsággal, de rendkívüli szegénységgel is rendelkező országgá vált, a lakosság többsége kötődött a haciendákhoz és a községekhez, a munkahelyeken rosszul bántak velük, a bányákban és malmokban rabszolgává tették őket, szabadság nélkül, pénz nélkül. és minden esély nélkül javulni.
A félszigeti spanyolok monopolizálták a politikai és gazdasági hatalmat; A társadalmi, gazdasági és politikai egyenlőtlenség ilyen körülményei feszültségeket és elégedetlenséget halmoztak fel. Másrészt az olyan események hatása, mint a francia forradalom, az Egyesült Államok függetlensége és az angol ipari forradalom megrendíti az amerikai lelkiismeretet, és a kreolokban kezd formálódni Új-Spanyolország függetlenségének gondolata.
