Hidalgo Aguascalientes felé indult, és Zacatecas felé tartott. Zacatecasból Hidalgo átment a Salinason, a Venado, Charcas, Matehuala és a Saltillo-on.
Itt állapították meg, hogy a főparancsnokok a legjobb csapatokkal és pénzzel az Egyesült Államokba távoztak. Már útközben a rojalisták foglyul ejtették őket március 21-én a Norias del Baján vagy az Acatita del Baján. Hidalgót Monclovába vitték, onnan március 26-án az Alamo és Mapimí révén távozott, 23-án pedig Chihuahua-ba lépett. Ezután kialakult a folyamat, és május 7-én megtették az első állítást. Hidalgo egyházi jellege miatt tárgyalása késett jobban, mint társai.A lefokozási büntetést július 27-én ítélték meg, és július 29-én kivégezték a királyi kórházban, ahol Hidalgót bebörtönözték. A haditanács elítélte a fogoly fegyverbe helyezését, nem nyilvános helyen, mint társai, és mellkasra lőtte, és nem hátul, így megőrizve a fejét. Hidalgo nyugodtan hallotta a mondatot, és felkészült a halálra.
Utolsó napját a következőképpen írták le: „Vissza a börtönében csokoládé reggelit kínáltak neki, és miután elvette, könyörgött, hogy víz helyett egy pohár tejet tálaljanak hozzá, amelyet rendkívüli étvágy és örömmel mutat be. Egy pillanattal később közölték vele, hogy eljött az ideje a kínzásoknak; Megváltoztatás nélkül hallotta, talpra állt, és kijelentette, hogy készen áll az indulásra. Valójában kijött abból a szörnyű kockából, amelyben volt, és tizenöt-húsz lépéssel előrébb lépett tőle, egy pillanatra megállt, mert az őr tisztje megkérdezte tőle, felajánlották-e neki valamit, hogy utoljára ártalmatlanítsa; Erre azt válaszolta, hogy igen, azt akarja, hogy hozzanak neki néhány édességet, amelyet a párnáin hagyott: valóban hozták őket, és ugyanazon katonák között osztották szét, akik tüzet gyújtottak rá és mögötte vonultak, megbocsátásával és vigasztalásával. legkedvesebb szavai a munkájuk elvégzésére; És mivel nagyon jól tudta, hogy megparancsolták neki, hogy ne lője le a fejét, és félt, hogy sokat fog szenvedni, mert még mindig szürkület van, és a tárgyak nem látszanak jól, a következőket mondta: „A jobb kéz, amelyet a mellkasomra teszek, , gyermekeim, a biztonságos célpont, amelyhez el kell menned ”.
„A kínzások padját ott helyezték el a hivatkozott iskola belső karámjában, ellentétben azzal, amit a többi hőssel csináltak, akiket az említett épület mögötti kis téren végeztek ki, és ahol ma az emlékmű található. emlékeztet rá és az új bevásárlóközpontra, amely a nevét viselte; és amikor a Hidalgo tudta a helyet, ahová szólították, határozott és derűs lépéssel vonult el, és anélkül, hogy bekötötte volna a szemét, erős és buzgó hangon imádkozott a Miserere me zsoltár; Megérkezett az állványra, lemondóan és tisztelettel megcsókolta, és némi veszekedés ellenére, amely nem fordította hátra az ülést, elöl fordítva foglalt helyet, kezét a szívére tette, emlékeztette a katonákat, hogy ez az pont, ahol meg kell lőniük, és egy pillanattal később öt puska kirobbant, amelyek közül az egyik a jobb kezét átszúrta anélkül, hogy a szíve megsértette volna. A szinte szenvtelen hős megfeszítette imáját, és elhallgattatta a hangjukat, amikor újabb öt puska szájkosarat robbantottak fel, amelynek golyói a test mellett elhaladva feltörték a kötéseket, amelyek a padhoz kötötték, és az ember a vér tójába esett, még nem halt meg; további három golyóra volt szükség annak a drága létnek a befejezéséhez, amely több mint 50 éve tisztelte a halált. "
Alig született meg a nap, amikor már a nyilvánosság elé vetette magát, egy székre és jelentős magasságban, és pontosan a külsején. Fejét, Allende, Aldama és Jiménez fejével, vasketrecekben helyezték el a guanajuatoi Alhóndiga de Granaditas sarkán. A holttestet San Francisco de Chihuahua harmadik rendjében temették el, majd 1824-ben a csomagtartót és a fejet Mexikóba vitték, hogy ezeket nagy ünnepélyesen temessék el.
