Ezeknek a távoli országoknak a gyarmatosítását a jezsuita misszionáriusok csoportjának rendíthetetlen akaratának és fáradhatatlan munkájának köszönhette, akik tudták, hogy a hódítók nem tudták leigázni az őslakosokat, úgy döntöttek, hogy elhozzák hozzájuk az evangéliumot, és így elérik azt a szót, ami amit nem fegyverekkel értek el.
Így a XVII. Század végén a jezsuita Eusebio Kino lelkes kezdeményezése nyomán, aki engedélyt kapott a spanyol hatóságoktól Isidro Atondo y Antillón admirális expedíciójának megkezdéséhez, a misszionáriusok az akkori szigetnek hitt szigetre érkeztek, megszelídíteni lakóinak evangelizálását. Az engedély megadásához a Korona feltételként szabta meg, hogy a hódítást a spanyol király nevében hajtsák végre, és hogy a misszionáriusok maguk szerezzenek forrásokat a vállalkozás végrehajtására.
Az első missziót, a Santa María de Loreto-t 1697-ben José María Salvatierra atya alapította Tarahumarában, akit Kino atya javasolt a nagy munka elvégzésére. Santa María de Loreto több mint száz éve volt Kaliforniának politikai, gazdasági és vallási fővárosa.
A következő háromnegyed évszázad során a misszionáriusok tizennyolc remek erődből álló láncot alapítottak, amelyet összekötött az úgynevezett "királyi út", amelyet maguk építettek, összekötve a félsziget déli részén fekvő Los Cabos régiót a jelenlegi határral a mi északi szomszéd; Ez azért volt lehetséges, mert a misszionáriusok között voltak káplánok, akik tudtak az építkezésről és a vízépítésről.
Ezen félelmetes építmények egy része tökéletes állapotban fennmarad, például San Ignacio, az egyik legszebb és legjobban megőrzött épület, amelyet Juan Bautista Luyando atya épített 1728-ban; az 1699-ben alapított San Francisco Javieré, amely egy szerény vályogkápolnából és egy papi házból állt, amelyet Fray Francisco María Piccolo épített; a jelenlegi épületet 1774-ben Miguel Barco atya építtette, és gyönyörű építészete miatt "a Baja California Sur missziók ékkövének" tekintették; a Santa Rosalía de Mulegéé, amelyet Juan María Basaldúa atya hozott létre 1705-ben, Loreto-tól 117 kilométerre északra, ez volt az egyik legjobb hely, mivel egy oázisban épült a tenger mellett.
A küldetések ötvözték az építészet szépségét és a díszítés gazdagságát egy praktikus környezettel, amely lehetővé tette állandó települések létrehozását körülöttük. A misszionáriusok nemcsak az őslakosokat evangelizálták, hanem arra tanították őket, hogy datolyapálmákkal hozzák eredményessé a sivatagot; bevezették az állatállományt, valamint a kukorica, a búza és a cukornád termesztését; Sikerült elérniük, hogy a föld gyümölcsfákat, például avokádót és fügét teremtsen, és annak érdekében, hogy betartsák a bort és olajat igénylő vallási szertartásokat, engedélyt kaptak a szőlő és az olajfa termesztésére, ami az Új-Újvidék többi részén tilos volt. Spanyolország, és ennek köszönhetően ma kiváló borokat és olívaolajat állítanak elő a régióban. És ha mindez nem lenne elegendő, bemutatták az első rózsabokrokat is, amelyek ezeken a földeken virágoztak, és amelyek ma az egész félsziget parkjait és kertjeit díszítik.
