Nemes születésű, 1702-ben született Comóban, Olaszországban. Spanyolországban, ahová az osztrák háború elől menekülve érkezik, széles hatásköröket kap Moctezuma leszármazottainak nyugdíjának beszedésére Mexikó királyi Cajas-ban.
1736-ban Új-Spanyolországba utazott. Nyaralásának nyolc éve alatt a guadalupei Szűz jelenéseinek kivizsgálására szentelte magát, jelentős grafikai és piktográfiai anyagokat gyűjtve. Elősegíti a guadalupani kép megkoronázását, ami bizalmatlanságot okoz a viceregális hatóságokkal szemben. Fogságba esnek, gyűjteményét pedig levetkőzik. Hónapokkal később, Spanyolországba deportálva, hajóra száll, amely az őt Gibraltáron elhagyó kalózok kezébe kerül.
Nagyszerű alkotásokkal érkezett Spanyolországba, és kapcsolatba lépett Mariano Fernández de Echeverríay Veytia gyűjtővel, aki felmentését érte el az indiai királyi krónikás kinevezésével. Ezt az álláspontot Boturini visszautasította, hogy az őslakosok történetéről írjon. Bár soha nem szerzi vissza gyűjteményét, ráírta az Indiai Múzeum Katalógusát. Munkája nagyon eredeti és jól dokumentált. Bizonytalan időpontban, 1750 és 1755 között halt meg Madridban.
