A Yaquis keresztényesítése volt az, ami 1609-ben lehetővé tette a vallások elterjedését, behatolva Sonora területére.
A kolónia idején Sonora csak a Sierra Madre Occidental lejtőinek felelt meg, amely az adott entitás határain belül szerepelt. A Yaqui folyótól északra futó régiót, beleértve a Real de la Cieneguillát, Pimería Baja-nak hívták, a legészakibb régiót pedig attól a Realtól a Colorado folyóig - már a jelenlegi észak-amerikai Arizona államban - Pimería Alta-nak hívták.
A jelenlegi Sonoran területéhez tartozik egy kis régió az akkori Pimería délnyugati részén, Chihuahua és Ostimuri államban, a Kalifornia-öböl partján, a Mayo és a Yaqui folyók között.
1614-ben Pérez de Rivas és Pedro Méndez misszionáriusok keresztelték a majákat Ostimuri területén, három misszióra osztva a missziót: Santa Cruz (Mayo torkolatánál), Navojoa és Tesia.
A Tepahue-kat a Cornicarisszal együtt 1620-ban építették be. Miguel Godínez atya megalapította San Andrés de Cornicari és Asunción de Tepahui misszióit . Ugyanebben az évben megalakult a San Ignacio Rektorátus, amely a fent említett öt misszió mellett Bacúm, Torín és Rahún misszióját is magában foglalta, a Yaqui torkolatánál.
1617-ben Pérez de Rivas és Tomás Basilio szülők megtérték a Yaquist. A felkelések, zavargások, kínok és gyilkosságok szenvedése ellenére Sonora megtérése gyorsabb és biztonságosabb volt. A 17. századra a jezsuiták kibővítették Maycoba és Yecora küldetését Chínipas néven ismert délnyugati részén.
A Yaqui folyótól északra eső küldetéseket négy rektoriumra osztották: San Borja küldetései a következő csoportokat csoportosították: Cucumaripa és Tecoripa , alapítva 1619-ben; Movas és Onovas, 1622-ben; Sahuaripa 1627-ben; Matape 1629-ben; Onapa 1677-ben és Arivechi , Japán Három Vértanújának Rektorátusa, amelybe Batuco 1627-ben, Oposura 1640-ben és Bacadeguachi is beletartozott. , Guazavák , Santa María Baceraca és San Miguel Bavispe , 1645-ben alapították. És San Javier rektorátusa, amely 1636-ban integrálta Ures misszióit; Aconchi, Opodepe és Banámichi 1639-ben; Cucurpe és Arizpe 1648-ban, Cuaquiárachi pedig 1655-ben.
1687-ben Eusebio Francisco Kino misszionárius belépett a Pimería Altába, és megkezdte a Nuestra Señora de los Dolores rektorátus misszióit, megalapítva: Caborca-t, amelybe Francisco Javier Saeta kapott megbízást, aki a lelki támogatásával, az apjával folytatja a levelezést Kino; Atil, Tubutama, Fájdalmas Szűzanya de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera és Imuris.
A jezsuiták kiűzése után a missziókat a ferencesek irányították, akik nem építkeztek tovább, és csak arra korlátozódtak, hogy megpróbálják megőrizni a meglévőket. Miután a jezsuiták már létrehoztak településeket Sinaloa és Sonora városában, a kaliforniai terület felé fordultak.
