Mivel nem tudták, hogy az ország északi része meddig terjed, a jezsuiták megérkeztek Chihuahua-ba. A tizenhetedik században a jelenlegi állapotot délnyugati részén az úgynevezett Chínipas régió alkotta, míg a terület többi részét megosztották a felső és az alsó Tarahumara között.
Az első kísérletek Chihuahua evangelizálására a korábban Sinaloa államban letelepedett jezsuiták útjai voltak. Elsőként Juan Castini atya által 1621-ben emelt és a Chínipas misszió néven épült a régióban.
A jezsuiták a hegyekben a Tepehuanes, Guazaparas és Tarahumara indiánok között dolgoztak, míg a ferencesek a völgyekben és a síkságon. Az első stabil misszionárius a Chínipas régióban Julio Pascual jezsuita atya volt, akit 1632-ben vértanúvá tettek Manuel Martínez atyával együtt. 1680-ra Fray Juan María Salvatierra erőteljes lendületet adott a missziónak, amelyet 1690-ben és 1730-ban konszolidáltak. A 17. század közepén a Chínipas régió jezsuita missziói a legjobban szerveződtek és haladtak elő.
Délen volt a Nabogame, ahol még mindig láthatja a templomot, gondnokot és missziós házat, amelyet Miguel Wiytz atya 1744-ben épített. Ugyanezen a területen található a Baborigame Satevo, amely új lendületet kapott Luis Martín atya igazgatásával. és Tubares, amelyet 1699-ben alapított Manuel Ordaz atya és amelyet Sebastián Félix történész adminisztrációja élesztett fel. Ez utóbbit a templomok, házak, szarvasmarhák és tanyák egyik leggazdagabbjának tartották. Középen Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana, északon pedig Babarocos és Moris missziói találhatók.
Tarahumara Baja területét először Juan Fonte atya evangelizálta, aki első bejáratát 1608-ban tette meg. 1639-ben Jerónimo Figueroa atya építette San Pablo Balleza és Huejotitán (San Jerónimo) misszióját, miközben José Pascual atya építette San Felipe-t. Ugyanebben a Tarahumara régióban található La Joya, Santa María de las Cuevas és San Javier Savetó is, utóbbi missziót Virgilio Máez atya építtette 1640-ben.
Ami a Tarahumara Alta területét illeti, amely átfogta ennek az entitásnak a központját és északra, az evangelizációs munkát Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay és Neuman atyák kezdték meg. A régióban a következő küldetések voltak: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí vagy Temeichi, Coyachi vagy Coyachic, Tomochi vagy Tomochic, Tutuaca vagy Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi és Tesomachi. A tizenhetedik század közepén a chihuahua jezsuita misszió lett a legjobban szervezett és igazgatott, kivéve a kaliforniai képviselőket.
Csivava területén a ferencesek missziós munkája is zajlott. A vallás célja az volt, hogy kiteljesítse azt a kapcsolatot, amely már létezett Zacatecas északi részén, és amelynek érdekében zárdákat alapítottak Chihuahuában és Durangóban. A zárdáknak, a jezsuitákhoz hasonlóan, el kellett tölteniük a hitetlenek evangelizálásának célját. Az épületek az Északi Miasszonyunké voltak, amely ma Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva vagy Bacínava (Betlehemes Szűzanya). ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua és Casas Grandes.
