A Don Nuño Beltrán de Guzmán spanyol hódító állandó támadása az ország nyugati földjei felé, annak érdekében, hogy növelje uralmát és hatalmát ezeken a területeken, új tartomány létrehozását eredményezte, amelyet Új Galícia Királyságának hívtak.
A régióban különféle őslakos csoportok laktak, akik folyamatosan pusztították azokat a településeket, amelyeket a spanyolok alapítottak benne. Nuño de Guzmán hadnagya, Juan B. de Oñate kapitány parancsot kapott ezeknek a tartományoknak a békítésére és a Villa de Guadalajara megalapítására a Nochistlán nevű helyen, amely tény 1532. január 5-én valósult meg. egy évvel később el kellett költöznie Tonalába, később pedig Tlacotlánba. Harmadik átutalás történt a város letelepítésére az Atemajac-völgybe, ahol 1542 február 14-én véglegesen megalapították a várost, Cristóbal de Oñate mint Új-Galícia kormányzója és Don Antonio de Mendoza jelenlétében, majd Új-Spanyolország alispánja, aki kinevezte Miguel de Ibarra polgármestert és alispán kormányzót.
A város gyorsan fejlődött, és versenyezni kezdett Compostela (ma Tepic )ével, amely akkor a vallási és polgári hatalmak székhelye volt, így Guadalajara lakói olyan nyomást gyakoroltak az Audiencia hatóságaira, hogy a király II. Felipe úgy döntött, hogy kiad egy 1560. május 10-én kelt Cédulát, hogy Composteláról Guadalajara, a székesegyház, a királyi udvar és a kincstári tisztviselők felé költözzön.
A városi struktúrát a többi gyarmati város struktúrájának megfelelően tervezték, így annak elrendezését sakktábla formájában dolgozták ki a San Fernando tér felől. Később Mexicaltzingo és Analco környékét Fray Antonio de Segovia, valamint az egyik legrégebbi Mezquitán szomszédságot alapította. A városháza házai is épültek, szemben a jelenlegi San Agustín templommal és az első plébániatemplommal, ahol az Igazságügyi Palota található.
Ma a csodálatos város, amely gyarmati épületekben termékeny, számos releváns építészeti példát mutat be, például katedrálisát, amelyet kötelezően látni kell, amelyet 1561 és 1618 között Martín Casillas építész építtetett. Stílusát kezdő barokknak minősítették. Szilárd szerkezete a mai Plaza de Guadalajara előtt magasodik, kíváncsi tornyaival, amelyek ugyan nem tartoznak az épület eredeti stílusához, de jelenleg Guadalajara fővárosának szimbólumaként ismerik el. A primitív tornyokat a XIX. Században földrengés pusztította el, így a mai tornyokat hozzáadták. A templom belseje féligótikus stílusú, beleértve csipkéből készült boltozatait is.
A 16. századi egyéb vallási területek a San Francisco-i kolostor, amelyet 1542-ben alapítottak a folyó közelében, az Analco szomszédságában, és amelyet a reformáció szinte teljesen elpusztított. Megőrzik a 17. század végén felújított templomát, amelynek szerény salamon vonalakkal díszített barokk homlokzata van. A San Agustín kolostort 1573-ban alapította II. Felipe királyi rendelet, és jelenleg megőrzi templomát súlyos herrériai vonalakkal ellátott homlokzatával és bordás boltozatokkal.
A Santa María de Graciát, a kolostor másik alapját Pueblából származó domonkos apácák foglalták el, 1590-ben építették a Plaza de San Agustín előtt, és Hernán Gómez de la Peña fizette. Az építkezés hat háztömböt foglalt el, bár ma már csak a temploma maradt meg, neoklasszicista homlokzattal a 18. század második feléből.
